És elegit papa un tal Bernat, que així s'anomenava en honor del seu mestre, l'abat de Claraval, aquell monjo humil del monestir de Sant Vicenç i Sant Atanasi, als afores de Roma. Qui més el coneix, Sant Bernat, en saber la notícia, escriu una carta al col·legi cardenalici, en què diu entre d'altres coses: «I què heu fet ara? Que Déu us perdoni. Amb quin judici i raó, mort el pontífex, heu anat a triar un home rústic, que estava amagat a la vida, i l'heu obligat a deixar la falç i la destral i l'aixada, l'arrossegau fins als palaus, l'asseis en una càtedra, el vestiu en porpra i seda i li posau l'espasa per tal que pugui fer justícia a les nacions...? Es que entre vosaltres no n'hi havia cap amb prou ciència i experiència capaç d'assumir tot això? Em sembla ridícul això d'escollir un homenet vestit de sargits per tal que vulgui presidir els prínceps, imperar els bisbes i disposar sobre regnes i imperis... Ridícul o més aviat miraculós? No heu puc negar. Però tinc por que aquest sant home no pugui dur endevant els seus oficis apostòlics amb l'autoritat necessària...».
Sant Bernat tenia tota la raó. Ben aviat, a Roma, s'alcen moltes veus contra el nomenament. Diuen que no té preparació per a les coses del món, que no és lluitador ni diplomàtic, que mai no podrà conduir el timó de San Pere enmig de les tempestes...
Tanmateix elegit, aquell humil frare del Císter, s'enfronta des del tron, a una mar molt moguda. El Senat de la República romana li tanca el camí a la basílica de Sant Pere, on ha d'esser consagrat. El volen fer renunciar a la potestat civil. I Eugeni ha de fugir dels revolucionaris i cerca refugi en el castell de Monticelli. D'aquí va a Farfa, on és solemnement consagrat. Passa llavors a Viterbo, on cerca la submissió d'aristòcrates com Arnau de Brescia. Aquest li besa la mà en un principi però després se'n va amb els revolucionaris. La cadira de Sant Pere es troba en perill als pocs dies de Pontificat. Demana el papa ajuda a l'emperador Conrad i als prínceps cristians, però cap d'ells no vol prestar ajut a la Santa Seu. Així les coses, ha de fer la guerra als rebels. Recupera Roma però al cap de poc temps ha de fugir novament de la ciutat, altre cop en poder dels revolucionaris. S'estableix a Viterbo i després viatja per França i Alemanya, tot organitzant sínodes, concilis i assemblees que pretenen la condemna de les heregies i el restabliment de la disciplina i la concòrdia. Roger de Sicília, amb el seu exèrcit, li deixa obert el camí de Roma, on retorna definitivament. I a la mort de l'emperador Conrad, enemic seu, aconsegueix d'establir bones relacions amb el seu successor, Frederic Barbarossa. Morí aquest pontífex el 1153 i fou soterrat amb grans honors i fama de sant. De fet, fou un esperit eremític esdevingut home d'Estat.